W listopadzie 1996 r. powstało Stowarzyszenie Rekonstrukcji Organów Kościoła Zamkowego w Słupsku. Statutowym celem organizacji było pozyskanie środków finansowych i doprowadzenie do pełnej rekonstrukcji barokowych organów z kościoła św. Jacka w Słupsku. Pod koniec roku 1996 zabytkowe organy z Kościoła Zamkowego znajdowały się w bardzo złym stanie technicznym.

         Uległy prawie całkowitemu zużyciu części mechaniczne, a drewnojady zniszczyły drewniane elementy instrumentu, który coraz gorzej służył muzykom. Konserwator i organmistrz postawili diagnozę: - tylko pełna rekonstrukcja instrumentu spowoduje, że słupskie organy będą spełniać wysokie wymagania stawiane instrumentom koncertowym.

         Zainaugurowane w 1996 roku poza festiwalowe koncerty w wykonaniu muzyków ze stowarzyszenia Janusza Dudzińskiego i Wojciecha Szeląga, zdobyły uznanie u melomanów. Pierwsze koncerty miały miejsce w ramach XIV Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej w 1996 roku.

         Od chwili powstania SROKZ, Janusz Dudziński - jego prezes, oraz członkowie: Jerzy Kotecki - pracownik naukowy WSP Słupsk, Danuta Bogdanowicz - nauczycielka, wykorzystując wszystkie możliwości, nagłaśniali cele i plany Stowarzyszenia w środkach masowego przekazu. ]W prasie ukazywały się regularnie artykuły, a w lokalnych rozgłośniach radia i telewizji prezentowane były cykliczne audycje.

         SROKZ nawiązało kontakt z panem Joachimem Schwarzem w Niemczech. Przed II wojną światową dziadek Pana Schwarza był ostatnim protestanckim kościelnym w Kościele Zamkowym. Nic więc dziwnego, że jego wnuk - Pan Joachim Schwarz - był emocjonalnie związany ze Słupskiem. Miał duży sentyment do miasta, w którym się urodził i gdzie mieszkała cała jego rodzina. Ogromnie zaangażował się w działalność na rzecz rekonstrukcji organów.

         W Fassbergu popularyzował stowarzyszenie i zbierał pieniądze. Niestety, zmarł i nie doczekał rekonstrukcji instrumentu. Na jego pogrzebie, zgodnie z ostatnią wolą wyrażoną w testamencie, nie było kwiatów tylko kwesta do drewnianej piszczałki na ratowanie słupskich organów...

         W roku 1999 rozpoczęły się prace przy demontażu instrumentu. Przetarg wygrała firma Józefa Mollina z Odrów k/Chojnic. Okazało się podczas tych prac, że piszczałki prospektowe pozytywu są oryginalne z 1654 roku. Wg ich menzury będą konstruowane piszczałki pozostałych głosów organowych.

         Zdemontowane organy (18 głosów organowych i wiatrownice stożkowe) zakupiła Parafia Garnizonowa z Puław. Tam organmistrz Jerzy Kukla miał zamontować te głosy do sprowadzonych z Austrii nowych organów. Dawny stół gry książęcych organów został w Muzeum Pomorza Środkowego i w przyszłości będzie eksponowany w kościele.